Ubytek przegrody międzyprzedsionkowej rzadko daje objawy kliniczne we wczesnym dzieciństwie. U młodszych dzieci, nawet z istotnym przeciekiem lewo-prawym, jako jedyne objawy mogą występować częste zakażenia układu oddechowego oraz duszność w trakcie wysiłku fizycznego. U dzieci starszych w okresie dorastania niekiedy rozwijają się objawy prawokomorowej niewydolności krążenia i zaburzeń rytmu (trzepotanie i migotanie przedsionków).
Ubytek w przegrodzie międzyprzedsionkowej stanowi wskazanie do leczenia operacyjnego, podejmowanego zwykle w wieku przedszkolnym. Operację przeprowadza się w krążeniu pozaustrojowym. Ubytki międzyprzedsionkowe typu otwór wtórny zszywa się najczęściej niewchłanialnym szwem ciągłym. Jeżeli ubytek jest rozległy lub stwierdza się mnogie ubytki przegrody międzyprzedsionkowej, do zamknięcia wykorzystuje się łatę z osierdzia dziecka lub z tworzywa sztucznego.
Ubytki typu zatoki żylnej zamyka się łatą z osierdzia dziecka lub z tworzywa sztucznego, którą wszywa się tak, aby skierować spływ z żył płucnych do lewego przedsionka. W ubytkach typu zatoki wieńcowej z towarzyszącą żyłą główną górną lewą (uchodzącą do lewego przedsionka) łata oddzielająca przedsionki powinna być tak wszyta, aby spływ z żył systemowych kierował się na zastawkę trójdzielną, a spływ z żył płucnych na zastawkę mitralną.
Kardiologia interwencyjna stwarza możliwości zamknięcia niewielkich ubytków przegrody międzyprzedsionkowej typu otwór wtórny za pomocą przezskórnie wprowadzanych „korków”. Dziecko kwalifikowane do zamknięcia metodą kardiologii interwencyjnej powinno mieć powyżej 10 kilogramów masy ciała. Najczęściej tego typu ubytek zamyka się zapinką Amplatza (Amplatzer Septal Occluder – ASO), chociaż dostępne są również zapinki Cardioseal, Starflex, Helex. Każda z tych zapinek różni się między sobą budową i techniką samego zabiegu. Najczęściej jednak jest używana zapinka Amplatza – najpopularniejsza i z praktycznego punktu widzenia najbardziej „przyjazna” – czyli o dość łatwej technice wszczepiania. Zapinka ta jest dobrze widoczna w badaniu echokardiografii przezprzełykowej, której zastosowanie jako drugiej metody obrazującej – oprócz metody angiograficznej – jest niezbędne podczas zabiegu. Po zabiegu konieczne jest przez 6 miesięcy stosowanie kwasu acetylosalicylowego (np. Acesan, Aspiryna) w dawce 3–5 mg/kg masy ciała dziecka. Do zamykania interwencyjnego kwalifikują się ubytki z rąbkami przegrody, które umożliwiają zaczepienie zapinki.
Dwa oddalone od siebie ubytki międzyprzedsionkowe teoretycznie można zamknąć dwiema zapinkami, ale pacjentów z małą masą ciała lepiej kierować na operację kardiochirurgiczną.
Zamykanie ubytków w przedniej części przegrody międzyprzedsionkowej wiąże się z niebezpieczeństwem uszkodzenia węzła przedsionkowo-komorowego. Pooperacyjne zaburzenia przewodzenia należą jednak do rzadkości. Śmiertelność okołooperacyjna jest znikoma.